Vzhledem k rostoucímu tlaku proti Židům v Německu zemi opustila ([[1939]]) a usadila se v karmelitánském [[klášter|klášteře]] v [[Nizozemsko|nizozemském]] [[Echt]]u. Zde napsala studii ''Kreuzeswissenschaft. Studie über Johannes vom Kreuz'' (Věda kříže: Studie o sv. Janu od Kříže).
VVe rocednech 10. - 15.května [[1940]] bylo Nizozemsko dobyto a obsazeno Německem a Židům nastaly krušné časy. Křesťanským církvím v čele s katolíky se ještě podařilo dojednat výjimky z některých perzekucí a transportů pro pokřtěné Židy, když protesty proti jednání se Židy jako celkem selhaly, a pokoušely se dojednat jejich vycestování mimo Němci ovládaný prostor. Veškerá jednání ale zkrachovala, když nizozemští [[biskup]]ové vystoupili s veřejně čteným prohlášením, ve kterém ostře odsoudili [[rasismus|rasistické]] základy nacismu a vyzvali věřící, aby podpořili Židy. Nacisté (mj. Arthur Seyss-Inquart,původně vůdce rakouských nacistů, v l.1940-1945 šéf nacistické okupační správy v Nizozemsku) zareagovali tak, že přerušili jednání o vycestování, pozatýkali všechny pokřtěné Židy a odeslali je do [[vyhlazovací tábor|vyhlazovacích táborů]]. Byly mezi nimi i Edith Steinová a její sestra Rosa. Edith během přesunu a krátkého pobytu v koncentračním táboře zorganizovala péči o děti, které byly odloučeny od svých matek nebo se o ně zničené matky nedokázaly postarat. Zemřela v [[Plynová komora|plynové komoře]] pravděpodobně 9. srpna 1942.<ref>{{Citace monografie|příjmení=Petry|jméno=Monika|titul=Der erleuchtete Glaube|url=https://books.google.cz/books?id=zV3QCQAAQBAJ&pg=PT5&lpg=PT5&dq=edith+stein+starb&source=bl&ots=DLfTVInJwP&sig=1f9GBPvaR-9CSC2nWDuaPkFSfeA&hl=cs&sa=X&ved=0ahUKEwink7_uovvQAhWDWhoKHcRHDNU4ChDoAQhBMAY#v=onepage&q=edith%20stein%20starb&f=false|vydavatel=epubli|počet stran=82|isbn=9783737544825|poznámka=Google-Books-ID: zV3QCQAAQBAJ|jazyk=de}}</ref><ref>{{Citace periodika|příjmení=Grunenberg|jméno=Nina|titul=Edith Stein: Nichts als die Wahrheit|periodikum=Die Zeit|datum=2009-01-20|issn=0044-2070|url=http://www.zeit.de/campus/2009/01/ehemaligenverein/komplettansicht|datum přístupu=2016-12-17}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika|titul=Hirtenwort zur Heiligsprechung Edith Stein - Ökumenisches Heiligenlexikon|periodikum=www.heiligenlexikon.de|url=https://www.heiligenlexikon.de/Literatur/Edith_Stein-Hirtenwort.html|datum přístupu=2016-12-17}}</ref>
Některé židovské organizace vznesly námitku proti svatořečení{{Doplňte zdroj}} a zejména označování Edith Steinové za [[mučedník|mučednici]], neboť podle nich zemřela pro svůj židovský původ.{{Doplňte zdroj}} Katolická církev jejich námitku odmítla, neboť podle ní zemřela kvůli tomu, že její [[církev]] vystoupila proti pronásledování Židů.{{Doplňte zdroj}} Každopádně se zdá jasné, že kdyby zůstala židovskou filozofkou dr. Edith Steinovou, mohla by včas opustit Evropu, jak to učinilo mnoho jiných židovských akademiků, a hledat útočiště ve Spojených státech. Ale právě proto, že byla karmelitánskou řeholnicí Terezií Benediktou od Kříže, byla vázána poslušností a zůstala v Evropě. Její spisy svědčí o křesťanské oběti, kterou přinesla pro lidi všech vyznání.<ref>{{Citace monografie|příjmení=Jones|jméno=Kathleen|příjmení2=|jméno2=|titul=Velké ženy duchovní tradice I.|vydání=1|vydavatel=Karmelitánské nakladatelství|místo=Kostlení Vydří|rok=2002|počet stran=157|strany=|isbn=80-7192-568-3}}</ref>
