Nikolaj Menšutkin se narodil 24.října 1842 v [[Petrohrad|Petrohradu]] jako syn obchodníka. V roce 1857 absolvoval gymnázium, ale pro nesplnění požadavků na věk nastoupil ke studiu na Petrohradské universitěuniverzitě až v roce 1858. Studoval na fakultě fyziky a matematiky. V roce 1861, pro účast na nepokojích studentů, vyvolaných vyhlášením [[Rolnická reforma 1861 (Rusko)|Rolnické reformy]], byl téměř ze studia vyloučen. Nakonec v roce 1862 získal magisterský titul. V těchto letech se začal zajímat o chemii, kterou na Universitěuniverzitě vyučoval mladý [[Dmitrij Ivanovič Mendělejev]]. Po získání teoretických základů odejel do ciziny za účelem získání praktických zkušeností.
V letech 1864-1865 studoval u Adolpha Streckera v [[Tübingen|Tübingenu]], [[Charles Adolphe Wurtz|Charlese Wurtze]] na universitěuniverzitě v Paříži a u [[Hermann Kolbe|Hermanna Kolbeho]] na universitě v [[Univerzita Marburg|univerzitě v Marburgu]]. Mezitím se situace na Petrohradské universitěuniverzitě uklidnila a Menšutkin zde po návratu obhájil [[Disertační práce|disertační práci]], kde mu oponenty byli [[Alexandr Michajlovič Butlerov|Alexandr Butlerov]] a [[Dmitrij Ivanovič Mendělejev|Dmitrij Mendělejev]]. Tématem práce byla „''neschopnost záměny atomem kovu u jednoho ze tří atomů vodíku v molekule kyseliny fosforité''“, která vyvolala potřebu používání strukturních vzorců v anorganické chemii.<ref>{{Citace periodika
