[[Soubor:Staré Město sv. Duch int 3.jpg|thumb|left|Interiér kostela]]
Dnešní podoba interiéru kostela pochází převážně z [[18. století]]. Vybavení bylo po roce 1780 doplněno o prvky ze zrušených okolních kostelů. Dále se v kostele nacházejí oltáře [[Svatá Otýlie|sv. Otýlie]] a oltář [[Nejsvětější Srdce Ježíšovo|Nejsvětějšího Srdce Páně]], oba z 18. století. Další oltáře, [[Svatý Juda Tadeáš|sv. Judy Tadeáše]] a [[Svatý Vavřinec|sv. Vavřince]], pocházejí také z 18. století.<ref name="vlcek"/> Oltářní obraz [[Svatý Josef|sv. Josefa]] vytvořil [[Jan Jiří Heinsch]]. Nachází se zde též sousoší [[Pieta]] (ze 14. století), které sem bylo přesunuto ze zrušeného [[Kostel svatého Kříže Většího (Praha, Staré Město)|kostela svatého Kříže Většího]] v [[Klášter cyriaků (Staré Město)|bývalém klášteře cyriaků]]<ref>Eckert,{{Citace monografie | jméno = František: | příjmení = Ekert | odkaz na autora = František Ekert | titul = Posvátná místa král. hl. města Prahy:Dějiny| avydavatel popsání= chrámů,Dědictví kaplí,sv. posvátnýchJana soch,Nepomuckého klášterů| imísto jiných= pomníkůPraha katolické| víryrok a= nábožnosti1883 v hlavním| městěurl království= Českého;https://digitalniknihovna.mlp.cz/uuid:F2BDABE0-05AA-11DF-B6E3-0030487BE43A Svazek| II,svazek Praha:= DědictvíI sv.| Janatyp Nepomuckého,kapitoly 1884.= - 539,kapitola xiii| s.,kapitola (Dědictví= Svatojanské:Farní Podílchrám údůsv. naDucha rokněkdy 1884s panenským Čísloklášterem 71),Benediktinek s.| 439url -kapitoly 446.= [https://digitalniknihovna.mlp.cz/mlp/view/uuid:825ea610F2BDABE0-051405AA-11df11DF-a6ccB6E3-0030487be43a?page0030487BE43A | strany =uuid:07ae90b0 465-2526-11df-b37e-0030487be43a Dostupné470 online]}}</ref>. Pochází snad z okruhu Mistra týnského ukřižování. Za [[Husitství|husitských válek]] bylo silně poškozeno, uraženy obě hlavy a Kristova chodila. V roce 1627 nalezeny všechny části v sutinách. Roku 1628 restaurována, ve 20. století odstraněny barokní nátěry. Dále se zde nachází pozdně gotická socha [[Svatá Anna|sv. Anny]] (začátek 16. století) a dvě busty [[Svatý Vojtěch|sv. Vojtěcha]]. Dále jsou na stěnách zavěšeny obrazy posledního soudu a na protější straně obrazy z [[Svatováclavské legendy|legendy]] [[Svatý Václav|sv. Václava]]
Před kostel byla instalována kamenná socha [[Jan Nepomucký|sv. Jana Nepomuckého]] od [[Ferdinand Maxmilián Brokoff|Ferdinanda Maxmiliána Brokofa]], jež původně stála na [[náměstí Curieových]].<ref name="skoda"/>
