Žlábek (DNA): Porovnání verzí

[[FileSoubor:DNA-ligand-by-Abalone.png|thumbnáhled|upright=1.4|Velký žlábek a malý žlábek v dvoušroubovici B-DNA, fialově DNA, světlými barvami znázorněny ligandy (molekuly navázané ve žlábcích)]]

[[Soubor:Homeodomain-dna-1ahd.png|thumbnáhled|leftvlevo|[[Homeodoména]] ve vazbě na DNA: Důležitou součástí je [[alfa-helix]], který je v kontaktu s velkým žlábkem. V rámci homeodomény se však vyskytuje i další stabilizační raménko, které kontaktuje [[malý žlábek]] DNA.<ref name="pollard">{{citace monografie| titul= Cell Biology| jméno=Thomas D| příjmení=Pollard| jméno2= William C| příjmení2= Earnshaw| vydání=2|vydavatel=Saunders| rok=2007| isbn=1416022554| strany=928}}</ref>]]

[[B-DNA]] je převažujícím typem dvoušroubovice nacházejícím se v buňkách a proto jsou standardně popisovány žlábky právě v B-DNA. V dvoušroubovici se střídá tzv. '''velký žlábek''' s '''malým žlábkem''', které se (jak název napovídá) liší svou šířkou a hloubkou. Je to způsobeno [[asymetrie|asymetrickým]] uspořádáním [[komplementární pár|párů bází]] na [[cukr-fosfátová kostra|cukr-fosfátových kostrách]] řetězců DNA.<ref name="king">{{citace monografie| titul = A Dictionary of Genetics, Seventh Edition | jméno= Robert C.| příjmení=King| jméno2=William D. | příjmení2=Stansfield| jméno3=Pamela K.| příjmení3=Mulligan | vydavatel = Oxford University Press| rok=2006}}</ref> [[glykosidová vazba|Glykosidické vazby]] totiž vždy vychází z obou dvou [[nukleová báze|nukleových bází]] komplementárního páru na jednu stranu dvoušroubovice, takže na jedné straně je vytvořena větší brázda než na straně opačné.<ref name="duke">{{citace monografie| příjmení=Duke| jméno=Tom, et al| titul = Multiple aspects of DNA and RNA: from Biophysics to Bioinformatics| editoři = Didier Chatenay, et al|vydavatel=Elsevier| rok=2005| isbn = 0-444-52081-3| }}</ref> Velký žlábek je 12 [[Ångström|Å]] široký a 8,5 Å hluboký, malý žlábek je 6 Å široký a 7,5 Å hluboký.<ref name="king" />