Rudolf Pokorný byl ženat, s manželkou Růženou, rozenou Purkyňovou (1863-??1951) měl synasyny GeorgaJiřího (1883-??).<ref>[http://digi.nacr.cz/prihlasky2/index.php?action=link&ref=czarch:CZ-100000010:874&karton=473&folium=74 Národní archiv, Policejní ředitelství I, konskripce, karton 473, obraz 74, Pokorný Rudolf]</ref> a Vladimíra a dceru Rozálii. Manželka Růžena (Rosalie) byla dcera českého malíře [[Karel Purkyně|Karla Purkyněho]].<ref>[http://katalog.ahmp.cz/pragapublica/permalink?xid=494FBAE5953E11E287F174F06DCD07FC&scan=1#scan1 Soupis pražských obyvatel, Karel Purkyně]</ref>
