V letech [[2007]] až [[2009]] pracoval jako mluvčí ministerstva zdravotnictví, řízeného tehdy [[Tomáš Julínek|Tomášem Julínkem]] z [[Občanská demokratická strana|ODS]] (formálně byl ředitelem odboru komunikace s veřejností). K řídícímu týmu ministerstva v tomto období rovněž náleželi [[Marek Šnajdr]] - (1. náměstek), [[Pavel Hroboň]] - (náměstek), [[Markéta Hellerová]] - (náměstkyně) a [[Michael Vít]], - (náměstek). V roli tiskového mluvčího se Cikrt profiloval jako obhájce tzv. nesocialistického pojetí zdravotnictví, otevřeného vůči posílení role soukromého kapitálu a tvorbě zisku.{{Zdroj?}} Tato koncepce zdravotní péče, kterou Cikrt hájil ve svých četných mediálních vystoupeních i na vlastních webových stránkách, se kritikům, kteří se záhy začali soustřeďovat na tzv. regulační poplatky ("cikrtovné"){{Fakt/dne|20100907214136}}, jevila jako málo zohledňující sociální dopady změn zdravotní politiky, jejichž větší část ostatně zůstala ve fázi záměrů.{{Zdroj?}} Po rekonstrukci [[Druhá vláda Mirka Topolánka|Topolánkovy vlády]] v lednu 2009 odešel Cikrt spolu s ministrem Julínkem.
