[[Soubor:Jozef Tiso (Berlin).jpg|náhled|vlevo|Setkání [[Jozef Tiso|Jozefa Tisa]] s [[Adolf Hitler|Adolfem Hitlerem]] v říjnu [[1941]]]]
V prvních letech [[Druhá světová válka|druhé světové války]] se ľudácký režim především díky hospodářské konjunktuře způsobené německou válečnou poptávkou těšil poměrně značné loajalitě většiny domácího obyvatelstva. Růst ekonomiky a možnost práce v Německu eliminovaly předválečnou nezaměstnanost a podpoře režimu nahrávalo i srovnání s nepříznivímnepříznivým osudem [[Poláci|Poláků]] či [[Češi|Čechů]].<ref name="Kováč (2011), 214–215.">Kováč (2011). Str. 214–215.</ref> Do války na straně Třetí říše se slovenské oddíly poprvé zapojily během [[Invaze do Polska (1939)|tažení]] proti [[Druhá Polská republika|Polsku]], za což byly ke Slovensku opětovně připojeny dříve ztracené části [[Orava (region)|Oravy]] a [[Spiš]]e. V roce [[1941]] se slovenská armáda zúčastnila [[Operace Barbarossa|invaze]] do [[Sovětský svaz|Sovětského svazu]].<ref name="Kováč (2011), 216.">Kováč (2011). Str. 216.</ref> Tehdy začal ve slovenské společnosti sílit odpor k pokračující válce a k nedemokratickému režimu, který zostřoval pronásledování svých odpůrců a v souladu s nacistickou ideologií přikročil k plošné perzekuci [[Židé|židovského]] a [[Romové|romského]] obyvatelstva. Během [[Holokaust|holocaust]]u, na kterém se Slovenská republika podílela vyvezením většiny slovenských židů do nacistických [[Koncentrační tábor|koncentračních táborů]], bylo usmrceno přibližně 75 000 slovenských židů.<ref name="Kováč (2011), 209." /> Impulz pro aktivizaci místního [[Československý odboj (1939–1945)|odboje]] přinesly tvrdé německé porážky v roce [[1943]]. Nespokojenost slovenské společnosti s [[Fašismus|fašistickým]] režimem a válkou vyvrcholila během [[Slovenské národní povstání|Slovenského národního povstání]] – SNP, které na středním Slovensku vypuklo [[29. srpen|29. srpna]] [[1944]]. Jeho předčasné vypuknutí způsobené prozrazeníprozrazením, špatná organizace i vedení, nasazení elitních německých jednotek, a opoždění [[Karpatsko-dukelská operace|Karpatsko-dukelské operace]] přivodily porážku povstalců. Po obsazení [[Banská Bystrica|Banské Bystrice]], centra povstání, [[27. říjen|27. října]] vydal velitel povstalců generál [[Rudolf Viest]] [[28. říjen|28. října]] rozkaz k přechodu na [[Partyzánská válka|partyzánský boj]]. Části [[partyzán]]ů se podařilo ve slovenských horách přečkat zimu a někteří přešli na druhou stranu [[Válečná fronta|fronty]].<ref name="Kováč (2011), 223–229.">Kováč (2011). Str. 223–229.</ref>
Postup [[Rudá armáda|Rudé armády]] přivodil na jaře roku 1945 porážku německých sil. [[4. duben|4. dubna]] 1945 byla osvobozena Bratislava, odkud uprchli čelní představitelé ľudáckého režimu. Dočasná československá vláda, která dorazila na osvobozené slovenské území přijala [[5. duben|5. dubna]] během zasedání v Košicích tzv. [[Košický vládní program]]. Poslední zbytek slovenského území osvobodila sovětská vojska [[3. květen|3. května]] 1945, čímž Slovenská republika [[de facto]] zanikla. Na osvobozeném slovenském území došlo k obnovení Československa.<ref name="Kováč (2011), 233.">Kováč (2011). Str. 233.</ref>
