Jako nizozemský guvernér, kterým byl v letech 1656–1659, se neosvědčil, neboť za Juanovyjeho vlády přišlo [[Španělsko]] o část [[Španělské Nizozemí|Nizozemí]], které získala [[Francie]]. Porážku utrpěl také při snaze o získání moci Španělů v Portugalsku v letech 1662–1663. Ctižádostivý Juan chtěl využít své oblíbenosti mezi lidem a žádal krále, aby byl prohlášen následníkem trůnu, což Filip roku 1663 zamítl.<ref name="Hamannová191–192">Hamannová, str. 191–192.</ref>
V roce 1665 se i přes otcovu nevoli oženil se svou nevlastní sestrou Markétou Marií. Byl otcem tří dcer, které se staly řádovými sestrami.
== Regent ==
Po Filipově smrti roku 1665 se Juan José pokoušel ozískat regentství za bratra [[Karel II. Španělský|Karla II.]], ale byl [[Marie Anna Habsburská (1634-1696)|královnou vdovou]] a jejím zpovědníkem [[Johann Eberhard Nithard|Nithardem]] vypovězen ze dvora. O tři roky později byl za jeho přispění [[páter]] Nithard sesazen, nicméně regentské vlády se Juan José ujal až dva roky před smrtí, roku [[1677]], kdy se mu podařilo se svým vojskem dobýt [[Madrid]] a donutit královnu i s novým favoritem [[Fernando de Valenzuela|Valenzuelou]] opustit dvůr.<ref name="Hamannová192">Hamannová, str. 192.</ref> NásleuůjícíNásledující rok byl podepsán [[Nijmegenský mír]], jehož důsledkem byla ztráta části španělského Nizozemí a [[Burgundské hrabství|burgnburgun]][[Burgundské hrabství|udskéhodského hrabství]]. Země se navíc zmítala v hospodářské i sociální krizi, kterou nikdo neřešil.
Už v následujícím roce 1679 Juan zemřel a regentské vlády se opět ujala [[Marie Anna Habsburská (1634-1696)|Marie Anna Habsburská]]. Juanovy ostatky byly uloženy do [[El Escorial|Escorialu]], hrobky [[Španělští Habsburkové|španělských Habsburků]].
