Oprava DNA: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
m Doplnění odkazů. |
m Překlad pokračování čáti způsobu opravy, legenda k tabulce. značky: možné subjektivní formulace editace z Vizuálního editoru |
||
Řádek 99:
=== Vyštěpovací oprava ===
[[Soubor:Uracil base glycosidase.jpg|náhled|vlevo|[[Uracil-N-glykosyláza]]; [[uracil]] je vyznačen žlutě]]
Vyštěpovací či také [[ekcize|ekcizní]] typ oprav (z angl. ''excision repair'') představuje další možnost, jak opravit poškození ultrafialovým světlem. V tomto případě je pomocí speciálních enzymů (jistých [[endonukleáza|endonukleáz]]; konkrétně [[UvrABC–endonukleáza|UvrABC–endonukleázou]]) vyštěpen z molekuly DNA [[oligonukleotid]] (jednovláknový řetězec dlouhý několik [[nukleotid]]ů) obsahující [[pyrimidin]]ové [[dimer]]y (cytosinové či thyminové). Následně jsou (u bakterií zřejmě [[DNA polymeráza I|DNA polymerázou I]]) syntetizovány předtím odstraněné nukleotidy. Poruchy v těchto ekcizních mechanismech mohou vést k onemocnění [[xeroderma pigmentosum]].<ref name="voet" />
Řádek 112:
Při mechanismu s NHEJ se vytvoří komplex z specializované DNA ligázy (DNA ligáza IV) s kofaktorem XRCC4, který se připojí na oba konce. Aby bylo docíleno přesné opravy NHEJ spoléhá na krátké homologního sekvence, mikrohomologního charakteru. Ty jsou přítomné na konečných částech jednoho vlákna DNA, k následnému spojení. Když jsou tyto dva převisy kompatibilní dojde k přesné opravě. Během opravy s NHEJ se může během vyskyznout i mutace. Ztráta poškozených nukleotidů u narušené prostorové konfigurace může vést k odstranění, nebo spojení nekompatibilních konců a vložení nesprávných sekvencí, či translokaci. NHEJ je obzvláště důležitý před tím, než buňka replikovuje svou DNA, protože není žádná dostupná předloha pro opravu způsobem HR. U vyšších eukaryot existují i "''záložní''" pochody NHEJ, kromě role pečovatele o genom je NHEJ potřeba pro spojování háčkovitých útvarů během opravy indukované [[V(D)J rekombinace|V(D)J rekombinací]]. Tento proces generuje velmi užitečnou rozmanitost na [[B-buněčný receptor|B-buněčném receptoru]] a [[T-buněčný receptor|T-buněčném receptoru]] v imunitním systému obratlovců.
Homologní rekombinace vyžaduje přítomnost identické, nebo použití téměř identické sekvence jako předlohu pro opravu poškozené části. Enzymatické procesy zodpovědné za průběh opravy jsou téměř stejné jako procesy probíhající při chromozomální cross-over během meiózy. Základem procesu je spravení poškozeného chromozomu za použití sousední chromatidy (přístupné v G2 po replikaci DNA), nebo využití homologní chromozomu jako vzoru. DSBs způsobí kolaps replikační vidlice a jsou následně opraveny rekombinací. Tyto DSBs jsou způsobené během procesu replikace, snahou o syntetizování s narušením na jednom vlákně, nebo nespravené léze.
MMEJ počíná s odstraněním konce o krátkém rozsahu a to MRE11 nukleázou na obou koncích narušení lokalizovaných na obou vláknech, při tom se odhalí mikrohomologní oblasti. V dalších krocích je vyžadována Poly (ADP-ribóza), polymeráza 1 (PARP1) na počáteční krok MMEJ. Dále je párování mikrohomologních oblastí následováno dodáním 1 (FEN1) na odstranění převislých částí. Navazuje dodání XRCC1-LIG3 na místo pro spojení konců DNA, vedoucí k získání neporušené DNA. MMEJ funguje vždy s odstraňováním, což z MMEJ dělá mutagenní způsob pro opravu DNA.
Extrémofilní organismus ''[[Deinococcus radiodurans]]'' oplývá obdivuhodnou schopností přežít poškození DNA z ionizující radiace a dalších zdrojů. Alespoň dvě kopie genomu s náhodnými poškozeními na DNA se dokáží zformovat do fragmentů DNA, kde je vnitřní stavba DNA držená pohromadě tvorbou [[Vodíková vazba|vodíkových můstků]]. Částečně převislé fragmenty jsou následovně použity pro syntézu homologních oblastí přes ''D-loop'', nadále může pokračovat prodlužování, dokud nenalezne komplementární část vlákna. Ke konci průběhu proběhne ''cross-over'' od homologní rekombinace závislé na RecA.
[[Topoizomeráza]] je aktivní v narušení týkajících se jednoho i dvou vláken za účelu změny stavu DNA [[Nadšroubovicové vinutí|nad-šroubovicovým]] vinutím, které je obzvláště běžné v oblastech v blízkosti otevřené replikační vidlice. Takové narušení není považováno za lézi na DNA, protože se jedná o přirozený mezikrok v biochemickém mechanismu topoizomerázy a jsou okamžitě napraveny enzymy, které je původně způsobily.
=== SOS odpověď ===
Řádek 148 ⟶ 156:
| MSH3 || x || || x || || || || x
|}
Tabulka: Často mutované jsou při vývoji rakoviny geny, které jsou zapojené do cest a způsobů opravy DNA (HR = homologní rekombinace, NHEJ = nehomologní spojování konečných částí, SSA = Napojování jednoho vlákna tvorbou vodíkových vazeb, FA = genetická porucha (''fanconi anemia''), BER = oprava excitací báze, NER = oprava excitací nukleotidu, MMR = oprava ''na přeskáčku''.
== Související články ==
| |||