U [[bakterie|bakterií]] se vyskytují všechny tři typy methylovaných [[nukleová báze|bází]] - 6-methyl adenineadenin, 4-methyl cytosin i 5-methyl cytosin. Methylace DNA tu hraje především roli jako ochrana vlastní [[DNA]] před rozpoznáním [[restrikce|restrikčními]] [[enzym]]y, které mají za úkol štěpit cizorodou [[bakteriofág]]ovou nemethylovanou [[DNA]]. Mimoto také reguluje [[exprese genu|genovou expresi]] a procesy [[replikace DNA|replikace]] a [[oprava DNA|opravy DNA]].<ref name="albu" />
