Po osamostatnění se, se začal věnovat studiu nových filosofických směrů v podobě [[Utopický socialismus|utopického socialismu]] a [[Pozitivismus|pozitivismu]]. Svůj utilitarismus tím proměnil na sociální liberalismus. Současně odmítl benthamovskou [[Dedukce|dedukci]] a za základ poznání označil [[Indukce|indukci]]. To popsal ve svém prvním díle ''Systém deduktivní a induktivní logiky'' (1843), ve kterém zrelativizoval poznání. Ve svém dalším díle ''[[Principy politické ekonomie]]'' (1848) reagoval na ekonomii [[Adam Smith|Adama Smithe]]. Mill označil práci za zboží, a nikoliv vlastnictví, jak to činil Smith. Současně poukázal na to, že svobodný trh obohacuje jen část společnosti. Mill tím považoval za nutné ohlížet se na sociální situaci dělníků. Obě jeho díla sloužila jako učebnice na univerzitách.<ref name="vales" />
