Jeho děd Alfons I. byl v rámci své snahy o uznání Portugalského království papežem, nucen odevzdat velké množství pravomocí portugalské církvi. Tento stav ve finále vedl k vytvoření de facto "státu ve státě", kdy církev fungovala značně nezávisle na světské moci. Alfons II. se tuto situaci snažil řešit, vše však nakonec vedlo k zásadní roztržce se svatým stolcem. Alfonso II. byl exkomunikován, papeži [[Honorius III.|Honoriovi III.]] však slíbil nápravu. Než tak však mohl učinit, zemřel v roce 1123. Je pohřben společně s manželkou v cisterciáckém klášteře [[Klášter Alcobaça|Alcobaça]].<sup>[1]</sup>
