UniProt: Porovnání verzí

'''Uniprot''' je komplexní databáze proteinových sekvencí. Tato volně přístupná databáze obsahuje informace o funkci [[protein|proteinu]]u. Informace v UniProt sdružují výsledky projektů sekvenujících genomy a informace o biologických funkcích bílkovin.

UniProt vznikl sloučením Swiss-Prot, TrEMBL a PIR-PSD.

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC102476/ UniProtKB/Swiss-Prot] je kvalitní, manuálně anotovaná sekce UniProtuKB, která sdružuje experimentální výsledky a vědecké závěry. Anotace se skládají z informací o proteinech, jejich struktuře, post-translační modifikaci, doménách, sekundární a kvartérní struktuře, podobnosti k jiným proteinům atd. V porovnání s UniProtKB/TrEMBL můžeme ve SWISS-PROT najít výrazně méně výsledků.

UniProtKB/TrEMBL obsahuje kvalitní výpočetně analyzované záznamy obohacené o automatickou anotaci. Anotované překlady kódujících sekvencí z jiných databází jsou automaticky zpracovány a převedeny do UniProtKB/TrEMBL. UniProtKB/TrEMBL obsahuje také sekvence například z PDB<ref>{{Citace monografie|titul=Protein Data Bank|url=https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_Data_Bank&oldid=717466106|poznámka=Page Version ID: 717466106|jazyk=en}}</ref>.

UniParc je rozsáhlá databáze obsahující všechny proteinové sekvence bez anotací, z hlavních, veřejně dostupných databází proteinových sekvencí. Proteiny se mohou objevovat v několika různých zdrojových databázích nebo v několika kopiích ve stejné databázi. UniParc ukládá každou jedinečnou sekvenci zvlášť, čímž se zabraňuje zbytečnému opakování. Každá sekvence má svůj identifikátor (UPI), díky kterému je možné určit stejný protein z různých databází.

UniRef poskytuje seskupený soubor sekvencí z UniProtKB a vybrané záznamy z UniParc. UniRef100 seskupuje všechny identické sekvence a subfragmenty s 11 nebo více zbytky do jednoho záznamu. UniRef50 a UniRef90 jsou sestaveny na bázi UniRef100.

UniMes slouží jako úložiště metagenomických a environmentálních údajů.

Internetové stránky UniProt jsou primárním přístupovým bodem k datům a dokumentaci. Tyto stránky nabízí různé nástroje jako např.: fulltextové vyhledávání, fulltextové vyhledávání pro jednotlivé pole, vyhledávání podobné sekvence, sériové vyhledávání pro více sekvencí současně, mapování identifikátoru v databázi. Web také nabízí stručný úvod pro začátečníky, příslušný odkaz lze nalézt na domovské stránce. Při vyhledávání není třeba mít znalost o funkcích organizace dat ani syntaxe vyhledávání, takže je vhodný i pro uživatele-začátečníky. Výsledky vyhledávání jsou seřazeny dle podobnosti s vyhledávaným slovem. V levé části webu je po vyhledání možné výsledky filtrovat dle různých parametrů. Výsledky vyhledávání sekvenční podobnosti lze filtrovat podle taxonomie, pro získání rychlého přehledu o taxonomickém rozdělení výsledků. Anotace sekvencí shodných záznamů mohou být transformovány do [[Alignment (biologie)|alignmentu]], aby bylo vidět, zda zůstávají zachovány důležité pozice. Web umožňuje si vyhledané struktury dávat do záložek (funkce Basket) a sady výsledků stahovat.