Balboa se narodil v [[Jerez de los Caballeros|Jerezu de los Caballeros]] ve [[Španělsko|Španělsku]]. Byl potomkem pánů z hradu Balboa, v blízkosti [[Villafranca de los Barros]] v [[Badajoz]]u; jeho otec Nuňo Arias de Balboa byl [[Šlechta|šlechtic]] a jeho matka byla paní z Badajozu, který se nachází v jihozápadním Španělsku. O jeho dětství toho není moc známo s výjimkou faktu, že byl třetím ze čtyř synů. Během dospívání pracoval jako [[sluha]] a [[panoš]] u [[Don Pedro de Portocarrera|Dona Pedra de Portocarrera]], pána z [[Moguer]]u.
