Klinický obraz nemoci závisí na velikosti a lokalizaci cysty a stavu pacienta. Asymptomatický průběh je nejčastější v prvních několika letech infekce. Studie z [[JižníAmerika|Jižní Ameriky]]Argentiny ukazují, že u lidí s cystou do průměru 4–7,5 cm nejsou zpravidla žádné klinické potíže. Proto také bývají cysty u zdravých nosičů diagnostikovány jako náhodný nález při [[Lékařská ultrasonografie|ultrazvukovém]] či [[Tomografie|tomografickém vyšetření]].<ref>{{Citace periodika|příjmení=Larrieu|jméno=E. J.|příjmení2=Frider|jméno2=B.|titul=Human cystic echinococcosis: contributions to the natural history of the disease|periodikum=Annals of Tropical Medicine and Parasitology|datum=2001-10-01|ročník=95|číslo=7|strany=679–687|issn=0003-4983|pmid=11784421|doi=10.1080/00034980120094730|poznámka=PMID: 11784421|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11784421|datum přístupu=2016-07-16}}</ref><ref>{{Citace periodika|příjmení=Frider|jméno=B.|příjmení2=Larrieu|jméno2=E.|příjmení3=Odriozola|jméno3=M.|titul=Long-term outcome of asymptomatic liver hydatidosis|periodikum=Journal of Hepatology|datum=1999-02-01|ročník=30|číslo=2|strany=228–231|issn=0168-8278|pmid=10068100|poznámka=PMID: 10068100|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10068100|datum přístupu=2016-07-16}}</ref> Po překonání bezpříznakové fáze se CE projevuje v závislosti na lokalizaci cyst. Cysty v játrech se manifestují bolestí v [[Nadbříšek|nadbříšku]], zvětšením jater, [[Cholestáza|cholestázou]], biliární [[Jaterní cirhóza|cirhózou]], [[Portální hypertenze|portální hypertenzí]] a [[Ascites|ascitem]]. Při prasknutí cysty může dojít k [[Anafylaktický šok|anafylaktickému šoku]] nebo vzniku sekundární CE – tzn. dojde k rozesetí protoskolexů do dalších orgánů a vzniku dalších cyst.<ref name=":0" /> Dle studie z Lotyšska si většina diagnostikovaných pacientů s CE stěžovala na [[Bolest břicha|bolesti]] nebo [[Bolest břicha|napětí břicha]], [[nevolnost]], [[Žloutenka|žloutenku]] a [[svědění]] kůže.<ref name=":5" /> Plicní forma CE se projevuje nejčastěji [[Kašel|chronickým kašlem]], vykašláváním, [[Dyspnoe|dušností]], [[Hemoptýza|hemoptýzou]], [[Zánět pohrudnice|zánětem pohrudnice]], [[Zápal plic|zánětem plic]] či vznikem [[Absces|abscesů]].<ref name=":0" /> Cysty v mozku způsobují [[Neurologie|neurologické příznaky]] jako jsou bolesti hlavy, [[Epilepsie|epileptické záchvaty]] a [[kóma]].<ref>{{Citace periodika|příjmení=Finsterer|jméno=J.|příjmení2=Auer|jméno2=H.|titul=Parasitoses of the human central nervous system|periodikum=Journal of Helminthology|datum=2013-09-01|ročník=87|číslo=3|strany=257–270|issn=1475-2697|pmid=23046708|doi=10.1017/S0022149X12000600|poznámka=PMID: 23046708|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23046708|datum přístupu=2016-07-16}}</ref>
