Historicky nedoložená a nepravděpodobná je role Jana Nepomuckého jako důvěrníka či zpovědníka královny [[Žofie Bavorská|Žofie]], který nechce prozradit zpovědní tajemství, která je známá např. z [[Hájkova kronika|Hájkovy kroniky]].<ref>[http://www.sjn.cz/vypis.php?rubrika=212 Jan Nepomucký - Pravdy a lži o Janu Nepomuckém]</ref> Takto důvěrná [[Panovnický dvůr|dvorská]] funkce je nepravděpodobná již z důvodu Nepomukovy příslušnosti ke královi znepřátelené skupině okolo arcibiskupa.<ref>Petr Hora Hořejš: ''Toulky českou minulostí'' - díl čtvrtý, Baronet 1995, kap. ''Svaté Čechy'', podkapitola ''Svatý Jan Nepomucký'', str. 191</ref>
=== Mučení a smrt ===
Dne [[20. březen|20. března]] [[1393]] se brzo ráno sešel král Václav IV. s Janem z Jenštejna. Po krátké hádce nechal král zajmout čtyři muže z arcibiskupova doprovodu, Jana z Pomuka, Mikuláše Puchníka, míšeňského probošta [[Václav Knobloch|Václava Knoblocha]] a laika arcibiskupského hofmistra [[Něpr z Roupova|Něpra z Roupova]]. Ti byli vyslýcháni na Pražském hradě, poté na Staroměstské radnici, kde byl posléze držen Něpr a ostatní byli přesunuti do staroměstské rychty (dnes dům č. 12 na rohu ulic Rytířské a Na Můstku), kde byli mučeni. Jan zemřel během tohoto mučení, ostatní byli propuštěni. Okolo deváté večer pak bylo jeho tělo svrženo z dnešního [[Karlův most|Karlova mostu]] do [[Vltava|Vltavy]].<ref>{{Citace monografie | příjmení = Čornej | jméno = Petr | odkaz na autora = Petr Čornej | spoluautoři = a kol. | rok = 2001 | titul = Kdy, kde, proč a jak se to stalo v českých dějinách | vydavatel = Reader’s Digest Výběr | místo = Praha | isbn = 80-86196-33-X | strany=112–113 | kapitola= Smrt Johánka z Pomuka}}</ref> Až do průzkumů tělesných pozůstatků antropologem [[Emanuel Vlček|Emanuelem Vlčkem]] se předpokládalo, že Jan zemřel [[tonutí|utonutím]], Vlček objevil poranění hlavy, která vznikla nejspíš při mučení a vedla ke smrti ještě před svržením do řeky.<ref>http://catholica.cz/?id=2382, 28. března 2016.</ref>
