Již v této době používala StB nezákonné metody jako bylo [[mučení]], [[vynucování přiznání]] a používáníaplikaci [[Psychoaktivní droga|drog]]. Po [[únor 1948|únoru 1948]] tyto praktiky staly naprosto běžnými a obecnými, notně podporovány [[sovětský svaz|sovětskými]] školiteli a pozorovateli. Byly hojně používány zejména při přípravě vykonstruovaných procesů proti politickým a ideovým odpůrcům komunismu či nespolehlivým občanům. Případy úmrtí nebo doživotního zmrzačení vyslýchaných byly tolerovány, nebo dokonce považovány přímo za žádoucí. Po výslechu StB zemřeli například filozof [[Jan Patočka]], [[Karel Lukas]] či kněz [[Josef Toufar]]. StB též s nejvyšší pravděpodobností{{Doplňte zdroj}} prováděla vraždy nepohodlných osob, (např. [[Přemysl Coufal]], [[Pavel Švanda (křesťanský aktivista)|Pavel Švanda]]). Značný vliv měli v 50. letech uvnitř StB poradci z řad [[NKVD]].
