[[11. únor]]a [[2005]], po náhlé smrti předsedy vlády [[Zurab Žvanija|Zuraba Žvaniji]], byl Nogaideli navrhnutnavržen prezidentem [[Michail Saakašvili|Saakašvilim]] jako nejlepší kandidát na tuto pozici. [[17. únor]]a získal Nogaideli důvěru parlamentu a okamžitě složil přísahu. Očekávalo se od něj, že bude pokračovat ve šlépějích svého předchůdce. Tuto úlohu splnil díky tvrdému postupu proti korupci, která již léta sužovala celou zemi, a nastartováním mnoha ekonomických a sociálních reforem, které se snažil prosazovat už ze svých dřívějších funkcí. Za své zásluhy na provedených reformách získal v zahraničí řadu ocenění (např. ''„top business environment reformer of the year 2007“'' od Americké agentury pro mezinárodní rozvoj).
Přes všechny úspěchy v prosazení mnoha ekonomických reforem se ale nepodařilo výrazněji zmenšit chudobu a další vážné problémy v zemi. To nakonec vyústilo v protivládní demonstrace, které se konaly [[2. listopad|2.]]-[[6. listopad]]u [[2007]], a které byly rozehnány policií za použití [[slzný plyn|slzného plynu]].
