Celní správa je podřízena [[Ministerstvo financí ČR|Ministerstvu financí]] a má dvoustupňovou organizační strukturu.
=== Generální ředitelství cel ===
=== Generální ředitelství cel<ref>http://www.cs.mfcr.cz/CmsGrc/Celni-sprava-CR/Organizacni-struktura/main.htm Organizační struktura Celní správy České republiky. Platná aktualizace: 30. května 2008, citováno 2. června 2008.</ref> ===
JeGenerální ředitelství cel<ref>http://www.cs.mfcr.cz/CmsGrc/Celni-sprava-CR/Organizacni-struktura/main.htm Organizační struktura Celní správy České republiky. Platná aktualizace: 30. května 2008, citováno 2. června 2008.</ref> je nejvyšším stupněm ve struktuře celní správy a vykonává kontrolní a metodickou činnost vůči ostatním orgánům celní správy. Dále taky provádí vyšetřování trestních činů v působnosti celní správy. Sídlí v Praze.
=== Celní úřad ===
VykonáváCelní úřad vykonává působnost na území vyššího územního samosprávného celku (kraj). Celní úřad Ruzyně, který vykonává působnost na území celního prostoru Celního úřadu Praha Ruzyně.
