Je zaměřen na získání teoretických poznatků založených na soudobém stavu vědeckého poznání, výzkumu a vývoje, na zvládnutí jejich aplikace a na rozvinutí schopností k tvůrčí činnosti; v oblasti umění je zaměřen na náročnou uměleckou přípravu a rozvíjení talentu. Standardně navazuje na bakalářský studijní program, v takovém případě trvá zpravidla 1–3 roky, výjimečně (např. v případě programů Všeobecnéoblastech [[lékařství]], nebo Právo a právní věda; toto se týká též[[právo|práva]] některýchči uměleckých[[umění]]) je akreditován nenavazující (celistvý) magisterský program, trvající standardně 4–6 let. Absolventi získávají akademické tituly [[magistr]] (Mgr.), [[magistr umění]] (MgA.), [[inženýr]] (Ing.), [[inženýr architekt]] (Ing. arch.), [[doktor medicíny]] (MUDr.), [[doktor zubního lékařství]] (MDDr.) nebo [[doktor veterinární medicíny]] (MVDr.); absolventi s titulem magistr (Mgr.) mohou navíc v téže oblasti studia vykonat [[rigorózní zkouška|rigorózní zkoušku]] a tedy následně získat titul [[doktor práv]] (JUDr.), [[doktor filozofie]] (PhDr.), [[doktor přírodních věd]] (RNDr.), [[doktor farmacie]] (PharmDr.), [[licenciát teologie]] (ThLic.) nebo [[doktor teologie]] (ThDr.).
