Roku 1859 napsal své nejznámější dílo esej ''O svobodě'', ve kterém hájil liberální (negativní) pojetí [[Svoboda|svobody]], které považoval za nejvyšší hodnotu člověka. Tedy svobody od státu a donucování. Věřil, že míra svobody je relativní a lze se v ní zdokonalovat. Dále zde rozvíjel svobodu slova a shromažďování, a také [[individualismus]]. Současně však klade důraz na hodnotu [[Altruismus|altruismu]]. Každý jedinec má dle Milla právo na svobodu slova a shromažďování, a to i když se ve svém postoji mýlí, což umožňuje jeho pojetí pravdy, kterou chápe jako relativní. V otázce odpovědnosti tvrdil, že člověk není odpovědný společnosti ve svých výlučných záležitostech, ale je odpovědný v otázkách společenských. Podstatu změny ke svobodné společnosti neviděl ve změně politické vlády, ale v kulturním povznesení společnosti samotné.<ref>MILL, John Stuart. ''O svobodě''. Praha: Ottovo nakladatelství, 1913, 206 s.</ref> Při psaní eseje mu byli inspirací [[Johann Wolfgang von Goethe]] a [[Wilhelm von Humboldt]].<ref name="vales" />
