Dot plot: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
Bez shrnutí editace značka: editace z Vizuálního editoru |
m nadpisy Reference a Literatura a portál Biologie |
||
Řádek 1:
'''Dot plot''' je nejjednodušší [[
== Sequence alignment ==
▲[[File:Mup locus showing DNA repeats.jpg|thumb|Dot plot]]
Sequence alignment provádíme nejčastěji z důvodů zjištění příbuznosti daných sekvencí, tedy zda jsou dané sekvence homologické (mající stejného předka). Homologní jsou sekvence se sekvenční identitou větší než 35 %, při sekvenční identitě 20
== Dot plot ==
Metoda dot plot je ideální k odhalení repetic a oblastí s malou komplexitou. Srovnávané sekvence jsou buď aminokyselinové, nebo nukleotidové. Je možné provádět i tzv. self-dot plot, tedy srovnání sekvence se sebou samotnou, což umožní vyhledávání symetrických sekvenci, repetice (sekvence s vysokým množstvím kopií), inverze (vzájemná výměna bází) a odhalení oblastí s nízkou komplexitou. Dále pomáhá odhalit přeházené domény či frame shift (změna čtecího rámce). Umožňuje odhadnout podobnost sekvencí, ale není pro tuto funkci úplně ideální.
== Praktická ukázka ==
[[
Dot plot je jednou z nejstarších metod pro srovnávání 2 sekvencí. Pracuje tak, že srovná jednu sekvenci do řádku a druhou do sloupce. V případě shodného nukleotidu/aminokyselin je zakreslena jeho pozice. Obvykle počítá s několika po sobě jdoucími aminokyselinami či nukleotidy a pole je označeno pouze pokud je dosažené určitého množství shod (treshold). Největší nevýhodou dot plotu je, že generuje příliš mnoho šumu.
==
{{překlad|en|Dot plot (bioinformatics)|607273416}}
== Literatura ==
{{portály|Biologie}}
▲ROST, Burkhard. Twilight zone of protein sequence alignments. Protein Engineering. 1999, č. 12, s. 85-94.
[[Kategorie:Bioinformatika]]
| |||