=== Románská a vrcholně gotická fáze (poč. 13. století – poč. 15. století) ===
První zmínky o kostele pochází z roku [[1228]] z listin [[Přemysl Otakar III.|Přemysla Otakara III.]], kterými 7. listopadu potvrdil farnosti všechna práva a 6. prosince potvrdil patronát cisterciačkám z [[Klášter Oslavany|oslavanského kláštera]] v čele s abatyší [[Heilwida|Heilwidou]]. Olomoucký biskup [[Robert (biskup olomoucký)|Robert]] kostel někdy mezi lety 1228–1231 vysvětil a listinou z roku [[1231]] znovu potvrdil farní práva a stanovily se i farní hranice.<ref>LIBOR, Jan. ''Dějiny Brna 2, Středověké město.'' 2013. S. 690-691.</ref> Z tohoto dokumentu se také dozvídáme, že kostel byl založen markrabětem [[Vladislav Jindřich|Vladislavem Jindřichem]]. Z toho vyplývá, že první [[Románská architektura|románská]] stavba začala vznikat někdy mezi nástupem biskupa Roberta do úřadu a smrtí markraběte Jindřicha, tedy mezi lety 1201–1222. V této době sloužil výhradně pro potřeby [[němci|německých]], [[Vlámové|flanderských]] a [[Valoni|valonských]] [[Kolonizace|kolonistů]]. Valoni poté docházeli do [[Kostel svatého Mikuláše (Brno)|kostela sv. Mikuláše]] na Dolním trhu (dnešním [[Náměstí Svobody (Brno)|Náměstí Svobody]]), který se stal [[Filiální kostel|filiálním]]. Pro česky mluvící farníky byl určen [[Katedrála svatého Petra a Pavla|kostel sv. Petra]]. Okolo kostela vznikl také brzy [[hřbitov]], který byl od roku 1293 k dispozici i ostatním neněmeckým farníkům. Podoba stavby pravděpodobně typově nevybočovala z tehdejší moravské románské architektury, tedy bazilikální trojlodí s dvojicí západních věží a chórem.<ref name=":2">{{Citace monografie|příjmení=Sedlák|jméno=Jan a kol|příjmení2=|jméno2=|titul=Chrám sv. Jakuba. In: Dějiny Brna. 7, Uměleckohistorické památky, historické jádro|vydání=|vydavatel=Statutární město Brno|místo=Brno|rok=2015|počet stran=|strany=|isbn=}}</ref>
Z archeologických nálezů vyplývá, že někdy na konci 13. až začátku 14. století byl románský kostel nahrazen [[Gotická architektura|vrcholně gotickou]] stavbou o přibližně stejných rozměrech, jako je kostel stávající. Ta byla ale téměř bezezbytku odstraněna a nahrazena stavbou současnou. V této době je také doložena fundace množství [[oltář|oltářů]], např. sv. Víta (1413), sv. Filipa a Jakuba (1423), sv. Kříže (1429), nebo sv. Anny (1446).<ref name=":3" />
