Roku 2000 nastoupila do konzultační firmy DHV ČR, kde pracovala na projektech z oblasti lidských zdrojů, regionálního rozvoje, hospodářské politiky a fondů [[Evropská unie|EU]]. V letech [[2001]]–2003 pracovala jako vedoucí odboru regionálního rozvoje Krajského úřadu [[Kraj Vysočina|kraje Vysočina]]. Po odchodu z krajského úřadu pracovala jako náměstkyně pro místní rozvoj na [[Ministerstvo pro místní rozvoj České republiky|ministerstvu pro místní rozvoj]]. Podle [[Jiří Paroubek|Jiřího Paroubka]] byla z funkce odvolána po opakovaných stížnostech tehdejšího [[Seznam ministrů pro místní rozvoj České republiky|ministra]] [[Radko Martínek|Radko Martínka]].<ref>http://www.parlamentnilisty.cz/arena/rozhovory/Paroubek-rozkryva-predvolebni-manipulace-I-aferu-kolem-Zemanovy-dcery-290578</ref>
Od 13. října10. 2006<ref>{{Citace elektronického periodika | jméno = Janek | příjmení = Kroupa | titul = Já v kauze Věry Jourové nelžu, to Kubiceho útvar | periodikum = vaševěc.cz | url = http://www.vasevec.cz/vip-blogy/janek-kroupa-ja-v%C2%A0kauze-very-jourove-nelzu-kubiceho-utvar | datum vydání = 2011-07-17 | datum přístupu = 2013-10-31}}</ref> do 16. 11. 2006<ref>{{Citace elektronického periodika | autor = Novinky | titul = Bývalá náměstkyně ministra Jourová je na svobodě | periodikum = Novinky.cz | url = http://www.novinky.cz/krimi/101442-byvala-namestkyne-ministra-jourova-je-na-svobode.html | datum vydání = 2006-11-16 | datum přístupu = 2013-10-31}}</ref> byla ve vyšetřovací vazbě kvůli kauze Budišov. Korupce Věry Jourové se neprokázala a stíhání v létě 2008 skončilo konstatováním, že se skutek nestal. Obvodní soud přiznal Jourové 3,6 milionu korun jako náhradu majetkové újmy, o dalších požadavcích Ústavní soud rozhodl, že jsou promlčené.<ref>{{Citace elektronického periodika | autor = ČTK | jméno2 = Petra | příjmení2 = Škraňková | titul = Ústavní soud se Věry Jourové nezastal, nárok na odškodné je promlčený | periodikum = iDNES.cz | url = http://zpravy.idnes.cz/vera-jourova-stiznost-nejvyssi-soud-promlceni-f5i-/domaci.aspx?c=A131024_110849_domaci_skr | datum vydání = 2013-10-24 | datum přístupu = 2013-10-31}}</ref>
