Kořeny muzea můžeme najít v roce 1888, kdy zásluhou [[František Slaměník| Františka SlaměnkaSlaměníka]] vzniká ''Muzeum Komenského'', které bylo založeno jako první svého druhu na světě. Po úspěšné národopisné a průmyslové výstavě vzniklo v Přerově v roce 1902 i Městské muzeum, které se zaměřilo na regionální historii, archeologii, numismatiku, národopis, výtvarné umění, mineralogii a později též na ornitologii. Od roku 1955 došlo ke sloučení obou muzeí v muzeum okresní. Později bylo přejmenováno na ''Okresní vlastivědné muzeum J. A. Komenského Přerov''. V roce 1993 bylo Okresní vlastivědné muzeum J. A. Komenského přejmenováno na ''Muzeum Komenského v Přerově''.
V současné době nalezneme v muzeu stále expozice týkající se archeologie Přerovska, ukázky školných tříd z různých obdobích, památník [[Jan Amos Komenský|Jana Ámose Komenského]], Národopis Hané a Záhoří, entomologie, mineralogie atd.
