K prvnímu prosinci 1938 jejej [[prezident]] [[Emil Hácha]] jmenoval [[Seznam ministrů veřejných prací Československa|ministrem veřejných prací]] v [[První vláda Rudolfa Berana|Beranově vládě]].<ref>{{Citace elektronického periodika | titul = Stenoprotokol z 125. schůze senátu Národního shromáždění republiky Česko-Slovenské v Praze v úterý dne 13. prosince 1938: část 1 | periodikum = Národní shromáždění republiky Československé 1935–1938 Senát: Stenoprotokoly | datum vydání = 1938-12-13 | url = http://www.psp.cz/eknih/1935ns/se/stenprot/125schuz/s125001.htm}}</ref> Stal se druhým z nejvyšších představitelů koncernu [[Baťa]], který vykonával funkci [[ministr]]a. Předtím to byl od září do prosince [[1938]] [[Hugo Vavrečka]] ([[ministr bez portfeje]]). Zpráva o jeho jmenování ministrem byla zveřejněna v týž den jako zpráva o dostavbě [[Baťův mrakodrap|zlínského mrakodrapu]] – správní budovy fy Baťa.<ref>{{Citace periodika | periodikum = Zlín | datum vydání = 1938-12-02 | ročník = 21 | číslo = 47 | issn = 1801-2965}}</ref> Čipera ministerskou funkci vykonával posléze až do [[19. leden|19. ledna]] [[1942]] i ve [[Druhá vláda Rudolfa Berana|Druhé vládě Rudolfa Berana]] a ve [[Vláda Aloise Eliáše|Eliášově vládě]].<ref>{{Citace elektronické monografie | autor = Vláda ČR | odkaz na autora = Vláda České republiky | titul = Vláda Aloise Eliáše (27.04.1939 - 19.01.1942) | url = http://www.vlada.cz/cz/clenove-vlady/historie-minulych-vlad/prehled-vlad-cr/1939-1945-protektorat-cechy-a-morava/alois-elias/prehled-ministru-24674/ | datum vydání = c2009 | datum přístupu = 2010-04-20}}</ref>
Čipera se snažil svou funkci odpolitizovat a organizačně zprůhlednit. Ihned na ministerstvu zavedl „baťovské metody práce“, systematičnost a přehlednost. Ve výstavbě nové komunikační sítě se snažil především o okamžité vybudování [[dálnice|dálničního]] spojení ve směru západ-východ, kterou chtěl veřejnosti předat již v roce [[1943]].<ref>Čipera (1944). s. 287–288, 291-292. </ref> Tato stavba byla rozdělena do dvou úseků ([[Chodov (Praha)|Chodov u Prahy]] - [[Jihlava]] a [[Zástřizly]] - [[Státní hranice Slovenska|slovenská hranice]]) a práce na ní započaly téměř okamžitě po jejím schválení v [[leden|lednu]] [[1939]]. Vedle dálniční sítě ministerstvo pod Čiperovým vedením investovalo stovky milionů do oprav okresních silnic, splavnilo úseky [[Labe]] v trati [[Mělník]] − [[Kolín]] a střední [[Vltava|Vltavu]] v trati [[Praha]] − [[Kamýk nad Vltavou|Kamýk]], zbudovalo přehrady na Vltavě u Štěchovic ([[Vodní nádrž Štěchovice]]) a na Svratce ([[Brněnská přehrada]]). Prosadil také zrušení [[Daň|daně]] z vodní síly.<ref>Vládní nařízení č. 70/1939 Sb. z. a n., kterým se zrušuje zákon ze dne 12. srpna 1921, č. 338 Sb. z. a n., o dani z vodní síly.</ref>
