Ne všechny podzemní stavby, které sloužily kultovním obřadům a náboženským rituálům, se označují jako hypogeum. Jedná se např. o (křesťanské) [[Katakomba|katakomby]], pohanská [[MitreumMithreum|mitreamithrea]], etruské hrobky nebo korsická [[Tafonium|tafonia]]; i suterénísuterénní stavby na britských ostrovech (''fogus'') a systém chodeb v alpách jako hypogeum nejsou označovány, protože je u nich stále ještě sporná jejich funkce. Stejně tak sem většinou nejsou počítány studňovéstudnové chrámy na [[Sicílie|Sicílii]], i když se tak jmenují (''Ipogeo di San Salvatore'', ''Ipogeo De Beaumont Bonelli Bellacicco'').
