Od roku [[1991]] se stal majitelem klubu podnikatel [[Lubomír Hrstka]] a přejmenoval klub na FC Boby Brno. Z období devadesátých let si fotbalisté Boby Brno vedli nejlépe pod vedením trenéra [[Petr Uličný|Petra Uličného]], kdy v sezóně [[1. česká fotbalová liga 1994/95|1994/95]] obsadili v nejvyšší soutěži třetí místo. Za zmínku stojí také sezona [[1. česká fotbalová liga 1996/97|1996/97]], ve které skončil tým Boby pod vedením [[Karel Večeřa (1955)|Karla Večeři]] čtvrtý.
Lubomír Hrstka takřka co by neomezený vládce klubu po dlouhé době uvolnil prostředky pro nákup skutečně výrazných posil. Přišel slovenský reprezentační obránce [[Viliam Vidumský]], drobný, ale zato skvělý středopolař [[Jan Maroši]], a do branky [[Luboš Přibyl]]. NovýV létě 1994 přišel nový trenér Petr Uličný, který dostal za úkol dostat tým do horní poloviny tabulky nebo spíše zaútočit na její špici. V 9. kole přišlo po dlouhých 12 letech vítězství nad Spartou (3:1), které i přes páteční televizní přenos sledovalo 28 695 diváků. Hrdinou utkání se stal mladičký [[Marcel Cupák]], který dal dva góly. Tentýž hráč dal dva góly o dvě kola později proti Drnovicím, které Boby před 24 779 diváky vyhrálo. Úspěšný podzim Boby zakončilo na 3. místě, když vyhrálo nad Chebem 6:0, v tomto zápase zaznamenal [[René Wagner]] hattrick. Plni očekávání zamířili fanoušci na 1. jarní kolo v němž Boby hostilo Slavii. Prohru 1:2 muselo strávit neuvěřitelných 34 770 diváků, přičemž průměrná návštěva na ostatních ligových zápasech se pohybovala okolo 5 000 diváků. 3. místo celek Boby i přes několik zbytečných ztrát uhájil a pronikl do [[Pohár UEFAIntertoto|Poháru UEFAIntertoto]]. V říjnu 1996 byl vytvořen divácký rekord české ligy, na zápas Boby Brno se Slávií přišlo 44 120 diváků. Na podzim 1997 si Boby zahrálo Pohár UEFA, nicméně po úspěšném předkole s Inkarasem Kaunas přišel v 1. kole debakl 1:6 na hřišti [[Rapid Vídeň|Rapidu Vídeň]]. Čestným úspěchem byla alespoň výhra v odvetě 2:0.
=== Éra bratří Prosů, zadlužení klubu a pád do druhé ligy (2000-2011) ===
