Začátek [[První světová válka|války]] Štefánika nepřekvapil, protože ho předvídal už několik roků. Ve válce viděl hlavně možnost osamostatnění Slováků, které hned od začátku spojoval i s Čechy. Vzhledem ke svému špatnému zdravotnímu stavu však nemohl hned odejít na [[Válečná fronta|frontu]] a dostal se na ni až začátkem roku [[1915]]. Nastoupil do vojenské letecké školy v [[Chartres]] a 11. května získal diplom [[pilot]]a a hodnost [[desátník]]a. V hodnosti [[podporučík]]a nastoupil na frontu, kde dělal průzkumné lety.<ref> Operoval mj. v oblasti Artois, tedy místě, kde se tou dobou pohyboval i zbytek u Arrasu rozprášené roty Nazdar<ref>http://www.rozhlas.cz/pred100lety/odboj/_zprava/milan-rastislav-stefanik-s-hlavou-v-oblacich--1497880</ref>. I jako letec měl neustále na zřeteli osamostatnění Čechů a Slováků a pokoušel se o vytvoření česko-slovenské dobrovolnické jednotky. V srpnu 1915 mu bylo vzhledem k jeho bojovým úspěchům a průkopnické práci v oblasti vojenské [[meteorologie]] nabídnuto místo velitele meteorologické služby francouzské armády. Štefánik to však odmítl a místo toho opět požádal o přeložení do Srbska.<ref>Meško, M., 2009, [http://www.vhu.sk/data/att/1200_subor.pdf ''Bojová a politicko-diplomatická činnosť M. R. Štéfánika v Srbsku.''] Vojenská história, 13, 1, s. 25-43</ref> Začátkem září 1915 ho poslali na srbskou frontu, kde toto své snažení ještě víc rozvíjel. Při evakuaci z letiště v [[Niš]]i však s letadlem havaroval a na útěku ho opět přepadla žaludeční choroba. Život mu tehdy zachránili přátelé Raoul Labry a Michael Bourdon, kteří ho dopravili do [[Řím]]a, do tamní Nemocnice královny matky. Tam Štefánik poznal paní Claire de Jouvenel, která mu horlivě pomáhala i v jeho boji za osamostatnění Slovenska.
