Filmový [[debut]] zaznamenal v roce 20061996 ve snímku [[režisér]]a [[Nicolas Winding Refn|Nicolase Windinga Refna]] ''[[Dealer (film, 1996)|Dealer]]'', kde ztvárnil [[Drogy|drogového]] [[dealer]]a Tonnyho. Později se objevil také ve dvou novějších pokračováních tohoto filmu. Následně se jako herec začal objevovat v dánských filmech, kde často ztvárňoval komediální role. V roce 1999 byl obsazen do filmu ''[[Bleeder]]'', kde si zahrál roli plachého Lennyho, který trpí [[Vyhýbavá porucha osobnosti|vyhýbavou poruchou osobnosti]]. V tomto filmu si zahrál po boku známého dánského herce [[Kim Bodnia|Kima Bodnie]]. V roce 2000 hrál Mikkelsen v roli gangstera v [[Akční film|akční]] [[Filmová komedie|filmové komedii]] [[Anders Thomas Jensen|Anderse Thomase Jensena]] ''[[Blikající světla]]'', kde si zahrál vedle herců jako [[Søren Pilmark]], [[Ulrich Thomsen]] nebo [[Nikolaj Lie Kaas]]. V následuícím období získal další popularitu za roli ve filmové komedii ''[[En kort en lang]]'' z roku 2001.<ref name="Yahoo">
