* brig.brigádní generál Ing. [[Miroslav Krejčík]] (1. prosince [[2004]] – 15. května [[2007]])
* brig.brigádní generál Ing. [[Pavel Adam]] (15. května 2007 – 28. června 2007)<ref>http://www.novinky.cz/clanek/115250-vojenske-zpravodajstvi-docasne-povede-pavel-adam.html</ref> do funkce jmenován dočasně
* generálporučík Ing. [[Ondrej Páleník]] (28. června 2007 – 31. října [[2012]])<ref name="vzcr">http://www.vzcr.cz/static/historie7p.aspx</ref><ref>http://zpravy.idnes.cz/sefem-vojenske-tajne-sluzby-bude-general-palenik-f66-/zpr_nato.asp?c=A070627_124649_domaci_ton</ref>
* brig.brigádní generál Ing. [[Milan Kovanda]] (31. října 2012 – 17. června 2013), postaven mimo službu<ref name="vzcr" /><ref>http://zpravy.idnes.cz/kovanda-pohunek-postaveni-mimo-sluzbu-dyi-/domaci.aspx?c=A130617_123811_domaci_mzi - Ministr Picek odvolal ze služby Kovandu a Pohůnka z vojenské rozvědky</ref>
* brig.brigádní gen.generál Ing. Rostislav Pilc, MPA (17. června 2013 - 22. října 2014), pověřen řízením; z titulu statutárního zástupce ředitele služby<ref>http://www.mocr.army.cz/scripts/detail.php?id=85941</ref>
* plk.plukovník Ing. Jan Beroun (22. října 2014 – dosud)
