I když se mezi [[proteinogenní aminokyselina|proteinogenními aminokyselinami]] nevyskytují D-aminokyseliny, některé D-aminokyseliny, jako například D-asparagová kyselina, mohou být v těle používány k jiným účelům, případně mohou být do proteinů připojovány až dodatečně po syntéze, případně se vyskytovat v [[Neribozomální peptid|neribozomálních peptidech]], jako je D-aspartát obsahující [[mikrocystin]] u [[sinic]]. U některých bakterií může být D-asparaginaspartát součástí [[peptidoglykan]]u namísto běžnějšího [[D-glutamin]]u.<ref name="pmid16510449">{{Citace periodika | příjmení = Bellais | jméno = S. | příjmení2 = Arthur | jméno2 = M. | příjmení3 = Dubost | jméno3 = L. | spoluautoři = et al. | titul = Aslfm, the D-aspartate ligase responsible for the addition of D-aspartic acid onto the peptidoglycan precursor of Enterococcus faecium. | periodikum = J Biol Chem | ročník = 281 | číslo = 17 | strany = 11586-94 | měsíc = Apr | rok = 2006 | doi = 10.1074/jbc.M600114200 | pmid = 16510449 }}</ref> D-asparaginaspartát se vyskytuje v nervových a endokrinních tkáních různých zvířat včetně člověka, kde vzniká především enzymatickou [[racemizace|racemizací]] L-aspartátu, i když pravděpodobně existují i další mechanismy syntézy a buňky dokáží přijímat D-asparaginaspartát z prostředí. U savců slouží D-asparaginaspartát jako klasický [[neurotransmiter]] a neuromodulátor (nemusí vyvolávat nervový vzruch), dokáže aktivovat [[NMDA receptor|NMDA receptor]], ale pravděpodobně pro něj existuje i vlastní receptor, který ovšem doposud nebyl identifikovaný. Funkce D-aspartátu v signalizaci mezi neurony je nejasná, na zvířecích modelech je pozorován vztah mezi učením a hladinou D-aspartátu v mozku a u lidí je snížené množství D-aspartátu spojované s [[Alzheimerova choroba|Alzheimerovou chorobou]].<ref name="pmid22872108">{{Citace periodika | příjmení = Ota | jméno = N. | příjmení2 = Shi | jméno2 = T. | příjmení3 = Sweedler | jméno3 = JV. | titul = D-Aspartate acts as a signaling molecule in nervous and neuroendocrine systems. | periodikum = Amino Acids | ročník = 43 | číslo = 5 | strany = 1873-86 | měsíc = Nov | rok = 2012 | doi = 10.1007/s00726-012-1364-1 | pmid = 22872108 }}</ref>
