Zdroj vody je převážně [[déšť|dešťový]]. [[průtokPrůtok (hydrologie)vodního toku|Průtoky]] vody silně kolísají. Minimální u [[Chartúm]]u činí 127 [[metr krychlový za sekundu|m³/s]] a maximální 5822 m³/s. Celkem za rok přivede do [[Nil]]u 52 [[kilometr krychlový|km³]] vody, což odpovídá průměrnému průtoku 1650 m³/s. Vodní režim ''Modrého Nilu'' má hlavní zásluhu na vzniku známých nilských [[záplavy|záplav]]. V průběhu etiopského [[období dešťů]] (od [[červen|června]] do [[září]]) roste průtok v [[říční koryto|korytě řeky]] a v září dosahuje v [[Chartúm]]u své maximální výšky 6 m.
[[Soubor:Blue Nile.jpg|thumb|left|Výtok Modrého Nilu z [[Tana (jezero)|jezera Tana]]]]
