Místo jeho narození není známo,. jakoJako pravděpodobná místa se uvádějí [[Uherský Brod]]<ref>[http://www.phil.muni.cz/fil/scf/komplet/komens.html Jan Amos Komenský] ve ''Slovníku českých filosofů'' na stránkách [[Filozofická fakulta Masarykovy univerzity|Filozofické fakulty Masarykovy univerzity v Brně]]</ref> (jak je uvedeno v [[Naarden]]u na náhrobní desce) nebo [[Nivnice]] (Komenský v některých dokumentech, hlavně v dobách svých univerzitních studií, připojoval k podpisu Nivnický, Nivanus, Nivnicensis<ref>[http://www.hradiste.cz/DDS/99/07/KULTUR.HTM#JJ ''Jak se žije v Nivnici'']</ref><ref name=":0">{{Citace periodika|příjmení = STULÁKOVÁ|jméno = Klára|titul = Záhada rodiště Jana Amose Komenského. Uherský Brod, Nivnice, nebo Komňa?|periodikum = Dějiny a současnost|odkaz na periodikum = Dějiny a současnost|číslo = 7/2013}}</ref>). Občas se zmiňuje i [[Komňa]] (z čehož by mohlo vzniknout příjmení Komenský, Comenius, jako jeho rodiště Komňu uváděli i někteří Komenského vrstevníci<ref name=":0" />), odkud pocházela otcova rodina.<ref>[http://www.mjakub.cz/index.php?idm=37 Muzeum J. A. Komenského]</ref> Jisté je, že se narodil na Moravě a Moravu celý život považoval za svou vlast. Například Clamores Eliae (Křiky Eliášovy) z druhé poloviny šedesátých let dedikuje „Milé matce mé vlasti, zemi moravské, jeden z věrných synů jejich…“.
Jan žil s rodiči v Uherském Brodě (pocházel z měšťanské rodiny). Jeho otec Martin Segeš (orig. Szeges) († 1602–4), byl významným členem [[Jednota bratrská|Jednoty bratrské]], jeho matkou byla Anna Chmelová. Po smrti rodičů a dvou ze čtyř (Kateřina, Markéta, Ludmila a Zuzana) sester ([[1604]]) se o něj starala jeho teta ve [[Strážnice (okres Hodonín)|Strážnici]], kde začal studovat.
