Zoubele je odchovancem klubu TJFK SlovanČeský BohniceLev Neštěmice, odkud v roce 1999 ve svých 14 letech přestoupil do [[FK Teplice]]. V týmu sídlícím na severu Čech se propracoval až do A-týmu. V roce 2006 šel hostovat do [[FK Ústí nad Labem]]. Poté hostoval v [[SK Kladno]], odkud se vrátil v roce 2009 zpět do Teplic.<ref>http://www.fczbrno.cz/clanek.asp?id=Kadr-Zbrojovky-rozsiri-Lukas-Zoubele-a-Filip-Serecin-2341</ref>
K 1. 7. 2012 podepsal smlouvu s [[FK Baumit Jablonec]].<br />