[[Soubor:Kruštík tmavočervený v přírodní rezervaci Milčice.jpg|thumb|left|Kruštík tmavočervený]]
V rezervaci se vystytujívyskytují chráněné a kriticky ohrožené druhy rostlin. Jde hlavně o rostliny z čeledi [[vstavačovité|vstavačovitých]], například [[tořič hmyzonosný]], [[okrotice červená]] a [[okrotice bílá|bílá]], [[vemeníček zelený]], [[vemeník dvoulistý]],[[pětiprstka žežulník]], [[kruštík tmavočervený]], [[hlístník hnízdák]] či [[vstavač nachový]]. Z dalších vzácných rostlin se na lokalitě vyskytuje např. [[ostřice ptačí nožka]], [[vítod nahořklý]], škarda ukousnutá, [[záraza vyšší]], [[lněnka pyrenejská]], [[zimostrázek alpský]], [[hořec křížatý]], [[oman vrbolistý]] a další .<ref name="old">{{Citace elektronické monografie
