# HS-proteinasy, mající v aktivním centru cystein, například papain;
# kyselé proteinasy, katalyzující štěpení v kyselém prostředí, například pepsin;
# metalloproteinasy, obsahující iont kovů;'''Tučný text'''
# ostatní proteinasy s dosud neprozkoumaným reakčním mechanismem.
Enzymy proteolytické hrají významnou roli v pochodech v trávícím traktu (pepsin, trypsin, chymotrypsin), kde ovlivňují odbourávání bílkovinné složky potravy. Vyskytují se též v krvi (thrombin), v buňkách (kathepsin), v rostlinách (papain) i v mikroorganismech. Proteolytické enzymy se používají například v mlékárenském průmyslu jako syřidla (chymosin a rennin), ke změkčování masa (papain) či jako „biologická“ složka pracích prostředků (mikrobiální proteinasy). Enzymy se používají též v analytické chemii, lékařství.
== Ribozym ==
V některých případech zajišťují biokatalytickou úlohu molekuky RNA. Tyto typy RNA s enzymatickou funkcí se nazývají [[ribozym]]y.
