U přenosového protokolu [[Internet Protocol|IPIPv4]] jemůže být při směrování paketu do přenosového kanálu s nižším MTU než je délka paketu, provedena fragmentace paketu. V hlavičce všech fragmentů kromě posledního je nastaven příznak ''More fragments'', identifikátor je zachován a příslušným způsobem je nastavena položka ''Fragment offset''. Opravena je položka ''Total Length''.
Fragmenty sestavuje zásadně až příjemce, protože každý fragment může využít v síti jinou cestu. Již fragmentované pakety lze dále fragmentovat. Fragmentace působí potíže zejména u vyšších protokolů, kdy je kvůli ztrátě 1jednoho fragmentu nutné přenášet celý chybějící celek. ProtoNehodí se zejména pro transportní protokol [[IPv6TCP]], místojehož segmenty je možné nadimenzovat na MTU linky tak, aby fragmentace přílišnebyla potřebná. K tomu slouží [[objevování MTU cesty]]. V takovém případě jsou IP datagramy vysílány s příznakem ''Do not fragment'' (nefragmentovat) a pokud některý router potřebuje provést fragmentaci (která je zakázána), je pomocí protokolu [[ICMP]] oznámena odesílateli chyba, takže může svoje MTU opravit. Stejně se chová i protokol [[IPv6]], u kterého routerům není povoleno fragmentovat datagramy (fragmentaci však nadále dlouhémůže paketyprovádět zahazujeodesílatel).
NěkdyProces neníobjevování fragmentováníMTU vhodnécesty nebov dokonceněkterých příjemcepřípadech selhává, fragmentovanézejména datagramyz odmítádůvodu blokování potřebných [[ICMP]] zpráv. V takovém případě je možné, aby bylo MTU pro [[TCP]] spojení nastaveno u odesílatele na menší hodnotu pomocí manipulace s položkami MSS (Maximum Segment Size) na hraničních routerech. Vysílající strana si obecně sama může zjistit maximální možnou velikost MTU na trase pomocí metody [[Path MTU discovery]], avšak to je nutné zajistit na aplikační úrovni (implementací v tom kterém programu). Před započetím komunikace je pak vyslán datagram s nastaveným příznakem ''Do not fragment'' (nefragmentovat) a pokud některý router potřebuje provést fragmentaci (která je zakázána), je pomocí protokolu [[ICMP]] oznámena odesílateli chyba, takže vysílající může svoje MTU opravit.
