Komplex táborů Mauthausen-Gusen byl jedním z táborů, kam byli posíláni občané z [[Protektorát Čechy a Morava|Protektorátu Čechy a Morava]] a ze [[Slovenská republika (1939–1945)|Slovenského štátustátu]]. První političtí vězni se do tábora dostali již v roce 1939. Následující rok byla do tábora v rámci přesunu vězňů převezena skupina Čechů ze [[koncentrační tábor Sachsenhausen|Sachsenhausenu]]. Výraznější deportace však začaly až v říjnu 1941 na základě příkazu zastupujícího říšského protektora [[Reinhard Heydrich|Reinharda Heydricha]]: „Vzhledem k zvláštnímu utváření v Protektorátu Čechy a Morava je nutno všechny osoby odsouzené stannými soudy zřízenými v Protektorátu, na základě nařízení říšského protektora ze dne 27. 9. 1941, k předání tajné státní policii, umísťovat výlučně v koncentračním táboře Mauthausen.,“ podle něhož hrál Mauthausen „zvláštní úlohu při decimování českého hnutí odporu.“<ref name="češi-mauthausen">{{Citace elektronické monografie | vydavatel = Válka.cz | titul = Češi a Slováci v Mauthausenu | url = http://mauthausen.valka.cz/cesi_a_slovaci_v_mauthausenu.htm | datum vydání = 2006-3-13 | datum přístupu = 2009-7-22}}</ref> Od prvního velkého transportu z 3. října, který čítal 280 osob, bylo do konce roku do Mauthausenu deportováno téměř 1400 Čechů. Masové deportace Slováků probíhaly od počátku roku 1945. Podle nacistických statistik (''Zugangsbuch'') bylo v letech 1941 až 1945 do Mauthausen-Gusenu celkem deportováno na 7320 Čechů a Slováků, z nichž jich zde zahynulo 4473.<ref name="češi-mauthausen"/>
Nově příchozí Češi a Slováci byli přijímáni ve dvou kategoriích. První podstoupila klasickou proceduru nových vězňů, kteří se přes karanténu dostali do pracovních bloků. Druhá kategorie byla určena k likvidaci.<ref name="češi-mauthausen"/> Výjimečně krutému zacházení se jim dostalo po [[Operace Anthropoid|atentátu na Reinharda Heydricha]]. Do Mauthausenu bylo odvedeno mnoho významných českých osobností. Zemřel zde písničkář a herec [[Karel Hašler]]. Po atentátu na Heydricha zde bylo 24. října 1942 popraveno 254 spolupracovníků a příbuzných [[Josef Valčík|Josefa Valčíka]], [[Jan Kubiš|Jana Kubiše]] a ostatních parašutistů. Táborem dále prošli například [[Adolf Kajpr]], [[Štěpán Trochta]] a řada českých vědců a pedagogů.<ref name="češi-mauthausen"/> V letech [[1941]]–[[1945]] zde byl vězněn také pozdější československý komunistický prezident [[Antonín Novotný]] (vládl [[1957]]–[[1968]]).
