Pod basilikou minor se nacházejí tzv. katakomby. Jde o soustavu krypt a chodeb. NejvyššíČítá patronejspíše s3 kryptoupatra, svatékterá Zdislavysahají jepřibližně příležitostnědo přístupnéhloubky (obvykle39 metrů. Dnes je přísupné pouze opatro hlavníprvní, pouti)a to z důvodu, že není znám do dalších dvou pater vchod. V tomto patře se také nachází krypta [[Berkovésv.Zdislavy, zrakev Dubé|BerkůFrantiška Antonína Berky z Dubé]]( ahlavního [[Pachtovémecenáše ztéto stavby), krypta Rájova|Pachtů z Rájova]], dělníci, kteří zemřeli při stavbě chrámu, malá rakev dráteníčka a v neposledjní řadě krypta dominikánů, do které není běžný přístup a to z důvodu pietních.
Pod tímto nejvyšším patrem se nacházejí další prostory, které ale nejsou přesně zmapované, jelikož jsou zcela zatopené podzemní vodou.
Katakomby v roce [[19821981]] zkoumala [[Státní bezpečnost|StB]], neb pojala podezření, že v podzemních prostorách je z dob války ukryt nacistický archiv. Nutno podotknout, že nic nenašli a podzemí bylo během jejich několik měsíců trvající „Akce Kostel“ značně poškozeno.
