'''Nekódující DNA''' je [[DNA]], která není přepisována v [[Bílkovina|proteiny]].<ref name = monitor>{{Citace elektronické monografie | příjmení = Otčenášková | jméno = Martina | url = http://wwwwww2.rozhlas.cz/podcast/media/_audiostream/01068921.mp3 | titul = Monitor | kapitola = Odpadní DNA souvisí s agresivní rakovinou | vydavatel = Český rozhlas Leonardo | datum vydání = 2010-01-07 | datum přístupu = 2010-01-07 | poznámka = Čas 4:10 od začátku stopáže}}</ref> Velmi často tvoří podstatný díl [[genom]]u eukaryot, např. u člověka až 97 %,<ref name="campbell">{{citace monografie | jméno = N.A | příjmení = Campbell | jméno2 = J.B. | příjmení2 = Reece | rok = 2006 | vydavatel = Computer press | titul = Biologie}}</ref> naopak u [[bublinatka opomíjená|bublinatky opomíjené]] tvoří jen necelá tři procenta.<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení = John | jméno = Radek | titul = Masožravá bublinatka nevede zbytečnou DNA. Jak to? | datum_vydání = 2013-05-14 | datum_přístupu = 2013-05-18 | periodikum = tyden.cz | url = http://www.tyden.cz/rubriky/veda/priroda/masozrava-bublinatka-nevede-zbytecnou-dna-jak-to_270147.html}}</ref> I když nekódující DNA nekóduje proteiny, řadí se do ní i geny pro [[nekódující RNA]], které mají funkci v dekódování genetické informace a řadu regulačních funkcí. Některé úseky nekódující DNA se nepřekládají, ale mají regulační funkci,<ref>{{Citace monografie| autor = Carroll, Sean B. et al.| měsíc = May | rok = 2008 | kapitola = Regulating Evolution | titul = Scientific American | strany = 60–67 | vydavatel = Scientific American Inc. | místo = New York }}</ref> pro většinu oblastí nekódující DNA však funkce není známá, v takovém případě se často označuje jako '''junk DNA''', z angličtiny "odpadní DNA". Termín ''Junk DNA'' poprvé použil v roce 1972 [[Susumo Ohno]].<ref>{{Citace monografie | autor=S. Ohno | rok=1972 | příjmení=So much "junk" DNA in our genome | jméno=In Evolution of Genetic Systems | korporace=H. H. Smith | strany=366-370 | Publisher=Gordon and Breach, New York}}</ref> Nicméně platí, že sice často není funkce nekódující DNA známa, ale její odstranění z [[genom]]u má obvykle závažné negativní následky.<ref name = monitor />
Speciálními případy jsou nekódující DNA přímo uvnitř genů, nazývaná [[intron]], bývalé geny, které však už jsou poškozené a nepřepisují se v RNA, které se označují jako [[pseudogen]]y, a [[repetitivní DNA]].
