V roce [[2006]] přestoupil z [[SC Heerenveen|Heerenveenu]] do [[AFC Ajax|Ajaxu]] za devět milionů liber. A připojil se tak k dalším vycházejícím hvězdám fotbalu [[Wesley Sneijder|Sneijderovi]] nebo [[Johnny Heitinga|Heitingovi]], kterým se také předpovídala velká fotbalová budoucnost.
Zatím nejlepšíVýborné období zažil, když nastoupil v sezóně 2005/06 do semifinále holandského[[Nizozemský fotbalový pohár|nizozemského fotbalového poháru]] proti [[Roda JC Kerkrade|Rodě Kerkrade]] a vstřelil rozhodující gól k postupu. Ve finále proti [[PSV Eindhoven|PSV]] jeho dva góly pomohly k celkovému vítězství 2:1, zařídil tak zisk v pořadí šestnáctéhošestnácté pohárutrofeje v této soutěži pro [[AFC Ajax|Ajax]].
Huntelaar se stal také prvním hráčem, který skóroval na nově postaveném stadionu [[Arsenal FC|Arsenalu]] [[Emirates Stadium|Emirates Stadionu]]. Gól vstřelil v rozlučkovém zápase [[Dennis Bergkamp|Dennise Bergkampa]] [[22. červenec|22. července]] [[2006]].
