Většina antivirových programů, které používají heuristickou analýzu, vykonávají tuto funkci spouštěním programovacích příkazů podezřelého programu nebo spouštěním skriptu v rámci specializovaného [[Virtuální stroj|virtuálního stroje]], a tím umožnitumožňují antivirovému programu vnitřně simulovat, co se stane v případě, když podezřelý soubor bude spuštěn při zachovaní podezřelého kódu izolovaného od reálného stroje. Ten pak analyzuje příkazy, tak jak jsou prováděny, monitoruje typické virové chování, jako je replikování, přepisování souborů a snahasnahu o utajení existence podezřelého souboru. Jestliže je detekováno jedno nebo více virového chování, je podezřelý soubor označen jako potencionální virus a uživatel je upozorněn.
Další běžná metoda heuristické analýzy je pro antivirový program dekompilacedekompilovat podezřeléhopodezřelý programu,program a pak analyzovat uvnitř obsažený [[zdrojový kód]]. Zdrojový kód podezřelého programu je porovnán se zdrojovým kódem známého viru a virového chování. Pokud se určité procento zdrojového kódu shoduje s kódem známých virů nebo virovými aktivitami, je soubor označen a uživatel je upozorněn.
