Příčinou slabého promíchávání vod jsou jejich rozdílné vlastnosti. Voda Río Negra má vysokou koncentraci [[Huminové látky|huminových látek]], které vodu výrazně [[KyselostKyselina|okyselují]] ([[pH]] 3,5). Voda Amazonky obsahuje vyšší množství [[Jíl|jílových částic]] a je [[Zásada (chemie)|zásaditá]] (pH 7,5). Liší se i rychlosti proudění vody jednotlivých řek. Amazonka má v místě soutoku přibližně 7,5 km/h, Río Negro 2,5 km/h. Vody mají i rozdílné teploty - žlutohnědá voda Amazonky odráží sluneční záření a neprohřívá se v takové míře jako voda Río Negra, která svou tmavou barvou teplo absorbuje. Amazonské vody mívají teplotu okolo 22°C, zatímco Río Negro je prohřáté až 28°C. Díky rozdílným teplotám mají vody i rozdílnou [[Hustota|hustotu]].
