Otevřít hlavní menu

Pandoravirus

(přesměrováno z Pandoravirus salinus)

Pandoravirus je rod virů s dvouvláknovou DNA, výjimečných svým tvarem, velkými rozměry i velikostí a strukturou genomu. V r. 2013 byly objeveny 2 druhy, pro oba jsou hostitelem měňavky.

Jak číst taxoboxPandoravirus
Chybí zde svobodný obrázek
Vědecká klasifikace
Skupina I (dsDNA viry)
Čeleď Pandoraviridae (návrh)
Rod Pandoravirus
druhy
  • Pandoravirus dulcis
  • Pandoravirus salinus
Některá data mohou pocházet z datové položky.

ObjevEditovat

Pandoraviry objevil výzkumný tým, vedený Chantal Abergelovou a Jeanem-Michelem Claveriem z Laboratoře strukturní a genomové informace francouzského národního výzkumného centra CNRS. Objev byl publikován v r. 2013.[1] Claverie tak navázal na svůj předchozí objev mimiviru a využil i obdobnou metodu. Odebrané vzorky sedimentů ze dna vystavil působení antibiotik, aby zahubil obsažené bakterie. Vzorky poté aplikoval k laboratorním měňavkám a zjišťoval, zda nehynou. Měňavky zahubené replikujícími se viry poskytly velké množství pandoravirů pro podrobnou analýzu.

PopisEditovat

Pandoraviry mají na viry mimořádně velké rozměry – jejich velikost je přibližně 1 mikrometr, takže je možné je spatřit pouhým optickým mikroskopem. Neobvyklý je i kapkovitý tvar, připomínající spíše bakterie. Mají také nebývale velký genom.[1][2][3]

Dosud (2013) byly popsány 2 druhy:[1][2][3]

  • Pandoravirus dulcis byl objeven v kalech odebraných ze dna sladkovodního jezera v Austrálii. Jeho genom tvoří 1,9 milionu párů bází s 1 502 proteinovými geny.
  • Pandoravirus salinus byl objeven v mořském sedimentu v ústí řeky Tunquen na tichomořském pobřeží Chile. Má v genomu 2,47 milionu párů bází a 2 556 proteinových genů a je tak stávajícím rekordmanem mezi známými viry. Předchozího držitele rekordu, Megavirus chilensis s genomem obsahujícím 1,26 milionu párů bází[4][5], tak překonal téměř dvojnásobně. Nejen to, překonal mnohonásobně i genomy některých bakterií[pozn. 1] a přiblížil se velikosti genomu parazitických eukaryot.[pozn. 2]

ZařazeníEditovat

Pandoraviry patří k virům s dvouvláknovou DNA, tedy do skupiny (třídy) I. Baltimorovy klasifikace. V systému Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) pro ně byla navržena nová čeleď Pandoraviridae (dosud nebyla uznána ICTV). Genetické analýzy ukazují, že se však může jednat o hodně odvozené druhy zavedené čeledi Phycodnaviridae.[8]

Rod Pandoravirus patří stejně jako např. Mimivirus či Megavirus do skupiny tzv. jaderně-cytoplazmatických virů s velkou DNA, označované NCLDV (z anglického nucleocytoplasmic large DNA viruses). Ta je někdy považována za novou, čtvrtou doménu živých organismů.[9][10][11] Právě neobvyklý tvar a velký genom pandoravirů opět oživil tuto hypotézu,[12] dosud přijímanou skepticky.[13][14] Navíc bylo zjištěno, že celých 93% genů u pandoravirů je dosud neznámých a velká odlišnost od dříve známých NCLDV nabízí hypotézu, že takových domén by mohlo být více.[15]

PoznámkyEditovat

  1. Dosud nejmenší známý genom bakterie byl zjištěn u druhu Nasuia deltocephalinicola - tvoří ho 112 091 párů bází.[6]
  2. Např. parazitická mikrosporidie Encephalitozoon intestinalis má genom redukovaný na pouhých 2,3 milionů párů bází.[7]

ReferenceEditovat

  1. a b c PHILIPPE, Nadège, et al. Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes. Science [online]. 19. červenec 2013. Svazek 341, čís. 6143, s. 281-286. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI:10.1126/science.1239181. (anglicky) 
  2. a b Huge viruses may open 'Pandora's' box: French study (popularizační článek k předchozí referenci). PhysOrg, 18. červenec 2013. Dostupné online. (anglicky)
  3. a b MIHULKA, Stanislav: Mimiviry jsou out, teď vládnou pandoraviry! O.S.E.L., 20. červenec 2013. Dostupné online
  4. ARSLAN,, Defne; LEGENDRE, Matthieu; SELTZER, Virginie, ABERGE Chantal, CLAVERIE Jean-Michel. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 10. říjen 2011. Svazek 108, čís. 42, s. 17486-17491. Dostupné online. ISSN 0027-8424. DOI:10.1073/pnas.1110889108. (anglicky) 
  5. Mega beats Mimi for world's biggest virus (popularizační článek k předchozí referenci). PhysOrg, 10. říjen 2011. Dostupné online. (anglicky)
  6. BENNETT, GM.; MORAN, NA. Small, smaller, smallest: the origins and evolution of ancient dual symbioses in a Phloem-feeding insect.. Genome Biol Evol. 2013, roč. 5, čís. 9, s. 1675-88. DOI:10.1093/gbe/evt118. PMID 23918810. 
  7. CORRADI, Nicolas; POMBERT, Jean-François; FARINELLI, Laurent, DIDIER, Elizabeth S.; KEELING, Patrick J. The complete sequence of the smallest known nuclear genome from the microsporidian Encephalitozoon intestinalis.. Nature Communications [online]. 21. září 2010. Svazek 1, čís. 77, s. 1-7. Dostupné online. pdf [1]. ISSN 2041-1723. DOI:10.1038/ncomms1082. PMID 20865802. (anglicky) 
  8. YUTIN, Natalya; KOONIN, Eugene V. Pandoraviruses are highly derived phycodnaviruses. Biology Direct [online]. 23. říjen 2013. Svazek 8, čís. 25, s. 1-8. Dostupné online. PDF [2]. DOI:10.1186/1745-6150-8-25. (anglicky) 
  9. BOYER, Mickaël; MADOUI, Mohammed-Amine; GIMENEZ, Gregory, Bernard La Scola, Didier Raoult. Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses. PLoS One [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2011-05-03]. Svazek 5, čís. 12. Dostupné online. PDF [3]. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0015530. (anglicky) 
  10. COLSON, Philippe; GIMENEZ, Gregory; BOYER, Mickaël, Ghislain Fournous, Didier Raoult. The Giant Cafeteria roenbergensis Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life. PLoS One [online]. 29. duben 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 4. Dostupné online. PDF [4]. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0018935. (anglicky) 
  11. LHOTSKÝ, Josef. Úvod do studia symbiotických interakcí mikroorganismů. Nový pohled na viry a bakterie.. Praha: Academia, 2015. 208 s. ISBN 978-80-200-2480-0. S. 48-51. 
  12. BRUMFIEL, Geoff: World's Biggest Virus May Have Ancient Roots. NPR.org, 18. červenec 2013. Dostupné online. (anglicky)
  13. HIGHFIELD Roger. Bizarre New Organism May Be 'Fourth Domain Of Life'. Rense.com, 15. duben 2010. Dostupné online (anglicky)
  14. WILLIAMS, Tom A.; EMBLEY, T. Martin; HEINZ, Eva. Informational Gene Phylogenies Do Not Support a Fourth Domain of Life for Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses. PLoS ONE [online]. 16. červen 2011. Svazek 6, čís. 6, s. 1-11. Dostupné online. PDF [5]. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0021080. (anglicky) 
  15. VILČEK, Štefan. Vedci objavili ďalší megavírus. Vesmír [online]. 3. říjen 2013. Svazek 92, čís. 2013/10, s. 539. (pro předplatitele). Dostupné online. PDF [6]. ISSN 1214-4029. (slovensky)