gRNA
Guide RNA (gRNA) jsou RNA, které řídí inzerci nebo deleci uridinových zbytků do mitochondriální mRNA prvoků bičivek (Kinetoplastida) v procesu RNA editace. Jedná se o typ posttranskripční modifikace, při které dochází k úpravě mRNA poté, co byla nasyntetizována podle DNA templátu a vzniká tedy RNA o jiné sekvenci, než kóduje genom daného organismu. V případě kinetoplastid se často jedná o pan-editaci, dochází ke značné změně 9 z 18 typů mitochondriálních mRNA u Trypanosoma brucei,[1] v kontrastu s jinými typy RNA editace, které vytváří pouze relativně malé změny v upravované RNA.
Mechanismus editovat
K editaci RNA podle gRNA dochází v kinetoplastech, které obsahují dvě sady genetické informace: maxikroužky kódující mitochondriální DNA a minikroužky kódující gRNA sloužící k úpravě mRNA kódované maxikroužky.[2] V typickém případě je v kinetoplastu 20–50 maxikroužků (o velikosti 20–39 tisíc bází) a 5000–10 000 minikroužků (o velikosti 0,8–2,5 tisíce bází).[3]
Editace pomocí gRNA začíná sekvenčně specifickým párováním mezi mRNA a gRNA v oblastech, které jsou vzájemně komplementární. Následně dochází k vložení nebo deleci uracilových zbytků podle vzoru gRNA.
Příklad průběhu editace:
mRNA 5' AAAGAAAAGGCUUUAACUUCAGGUUGU 3'
3' konec mRNA je použit jako kotva pro gRNA, které se váže pomocí přesného párování bází. 5' konec mRNA přesně neodpovídá gRNA a v rozdílných místech je rozštěpen pomocí endonukleáz:
gRNA 3' AAUAAUAAAUUUUUAAAUAUAAUAGAAAAUUGAAGUUCAGUA 5' mRNA 5' A A AGAAA A G G C UUUAACUUCAGGUUGU 3'
mRNA je následně opravena doplněním uracilových zbytků
gRNA 3' AAUAAUAAAUUUUUAAAUAUAAUAGAAAAUUGAAGUUCAGUA 5' mRNA 5' UUAUUAUUUAGAAAUUUAUGUUGUCUUUUAACUUCAGGUUGU 3'
Reference editovat
V tomto článku byl použit překlad textu z článku gRNA na anglické Wikipedii.
- ↑ BENNE, Rob. RNA editing in trypanosomes. European Journal of Biochemistry. 1994-04-01, roč. 221, čís. 1, s. 9–23. DOI 10.1111/j.1432-1033.1994.tb18710.x.
- ↑ VOLF, Petr; HORÁK, Petr. Paraziti a jejich biologie. Praha: Triton, 2007. (Vyd. 1). ISBN 978-80-7387-008-9. S. 318.
- ↑ MARR, J. Joseph; NILSEN, Timothy W.; KOMUNIECKI, Richard W. Molecular Medical Parasitology. [s.l.]: Academic Press, Elsevier Science Ltd., 2003. ISBN 0-12-473346-8.